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仰られていることが該当するか？分かりませんが、、、

外務省のHP
http://www.mofa.go.jp/mofaj/toko/todoke/koseki/#konin

このなかに
婚姻届の項、3．日本人と外国人が外国の方式によって婚姻した場合
があります。
これによると、「日本人の戸籍に婚姻の事実を登載しますので，婚姻挙行地にある在外公館又は本邦の日本人の本籍地役場に届出をして下さい。」とあり
届け出期間は３カ月以内
届出人は日本人当事者
郵送も可・・・等々あります。

浅読みしますと、届け出は韓国なら在外公館でＯＫ
　　　　　　　　　　　日本なら本籍地役場でＯＫのようです。

とはいえ、在外公館もしくは本籍地役場に問い合わせされたほうが間違いないかと思います。


【補足】
在大韓民国日本国大使館ＨＰ
http://www.kr.emb-japan.go.jp/people/ryouzibu/consulate_18.htm

こちらに戸籍の届け出（婚姻等）、婚姻届の出し方について
詳しく書かれています。